| Year | Rnd | Ovl | Phase | Player | Drafting Team | Pos | HiLvl | Played | Src | Drafted From | SF | State | AB | 2B | 3B | HR | RBI | SB | BAVG | W | L | ERA | SV | IP | SO | GS |
| 2000 | 1 | 16 | June-Reg | Billy Traber | New York Mets | P | MLB | 1998-2010 | C | Loyola Marymount University | SF | CA | 21 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | .048 | 12 | 14 | 5.65 | 0 | 215 | 152 | 28 |
| 2000 | 1 | 36 | June-Reg | Bob Keppel | New York Mets | P | MLB | 2000-2012 | H | De Smet Jesuit (Creve Coeur,MO) | SF | MO | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | .000 | 1 | 5 | 5.36 | 0 | 92 | 53 | 6 |
| 2000 | 2 | 65 | June-Reg | Matt Peterson | New York Mets | P | AAA | 2001-2010 | H | Rapides School (Lecompte,LA) | SF | LA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 3 | 95 | June-Reg | Josh Reynolds | New York Mets | P | A+ | 1998-2003 | C | University of Central Missouri | SF | MO | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 4 | 125 | June-Reg | Brandon Wilson | New York Mets | C | A+ | 2000-2006 | H | Christian Life Academy (Baton Rouge,LA) | SF | LA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 5 | 155 | June-Reg | Quenten Patterson | New York Mets | P | A | 2000-2002 | C | Oklahoma State University | SF | OK | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 6 | 185 | June-Reg | Chris Basak | New York Mets | SS | MLB | 1999-2008 | C | University of Illinois | SF | IL | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | .000 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 7 | 215 | June-Reg | Jeff Duncan | New York Mets | OF | MLB | 1998-2008 | C | Arizona State University | SF | AZ | 154 | 0 | 2 | 1 | 11 | 7 | .182 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 8 | 245 | June-Reg | Chad Bowen | New York Mets | P | A | 2000-2003 | H | Gallatin (Gallatin,TN) | SF | TN | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 9 | 275 | June-Reg | Nick Mattioni | New York Mets | P | AAA | 1998-2007 | C | Florida Atlantic University | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 10 | 305 | June-Reg | Travis Veracka | New York Mets | P | NCAA | 1999-2000 | C | University of Massachusetts | SF | MA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 11 | 335 | June-Reg | John Wilson | New York Mets | C | AAA | 2000-2005 | C | University of Kentucky | SF | KY | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 12 | 365 | June-Reg | Joe Faulkner ** | New York Mets | 1B | - | C | Auburn University | SF | AL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 13 | 395 | June-Reg | Collin Perschon | New York Mets | P | - | C | Bellevue Community College | SF | WA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 14 | 425 | June-Reg | Luis Robles ** | New York Mets | C | A+ | 2002-2005 | H | Rialto (Rialto,CA) | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 15 | 455 | June-Reg | Wayne Ough | New York Mets | P | AA | 2000-2006 | C | Trinidad State Junior College | SF | CO | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 16 | 485 | June-Reg | B.J. Benik ** | New York Mets | P | AA | 1998-2003 | C | Seton Hall University | SF | NJ | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 17 | 515 | June-Reg | Chris Nunez | New York Mets | P | - | C | Cal State Fullerton | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 18 | 545 | June-Reg | Mike Cox ** | New York Mets | p | A+ | 2000-2005 | C | University of Texas-Pan American | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 19 | 575 | June-Reg | Travis Rios | New York Mets | P | A+ | 2003-2005 | H | Eustis (Eustis,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 20 | 605 | June-Reg | Chad Elliott | New York Mets | P | AA | 2000-2003 | C | Sacramento State | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 21 | 635 | June-Reg | Scott Shoemaker ** | New York Mets | AAA | 2003-2008 | C | Grossmont College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 22 | 665 | June-Reg | Todd Nicholas ** | New York Mets | P | NCAA | 2003-2003 | H | Fort Dale-South Butler AC (Greenville,AL) | SF | AL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 23 | 695 | June-Reg | Anthony Coyne | New York Mets | SS-2B | A- | 2000-2004 | C | Yale University | SF | CT | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 24 | 725 | June-Reg | Jonathan Craig | New York Mets | P | RK | 2003-2003 | C | Young Harris College | SF | GA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 25 | 755 | June-Reg | Skyler Fulton ** | New York Mets | CF | - | H | Capital (Olympia,WA) | SF | WA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 26 | 785 | June-Reg | Jose Castaneda | New York Mets | C | AAA | 2000-2011 | C | University of Texas | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 27 | 815 | June-Reg | John Raffo | New York Mets | 1B-LF | A | 1997-2001 | C | Florida Atlantic University | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 28 | 845 | June-Reg | Justin Wendt | New York Mets | 1B | A- | 2000-2004 | H | St. David Catholic (Waterloo,ON) | SF | ON | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 29 | 875 | June-Reg | Chris Davis ** | New York Mets | Ind | 2003-2005 | C | Reedley College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 30 | 905 | June-Reg | Timothy Flannigan | New York Mets | 3B | A | 2000-2001 | C | Saint Xavier University | SF | IL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 31 | 935 | June-Reg | Thomas Hepworth | New York Mets | P | - | H | Carteret (Carteret,NJ) | SF | NJ | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 32 | 965 | June-Reg | Tim Lavigne | New York Mets | P | AAA | 1997-2010 | C | University of Virginia | SF | VA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 33 | 995 | June-Reg | Freddy Jimenez | New York Mets | CF | - | H | Monsignor Pace (Miami,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 34 | 1025 | June-Reg | Tanner Osberg | New York Mets | P | A | 2000-2004 | H | River Glen (Red Deer,AB) | SF | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 35 | 1055 | June-Reg | David Byard | New York Mets | P | AAA | 2000-2009 | C | Mount Vernon Nazarene University | SF | OH | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 36 | 1085 | June-Reg | Luz Portobanco | New York Mets | P | AA | 2000-2006 | C | Miami-Dade College | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 37 | 1115 | June-Reg | Nathen Vicari | New York Mets | P | - | C | Yuba Community College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 38 | 1145 | June-Reg | Ryan Danly | New York Mets | P | A | 2001-2004 | H | Jefferson (Cedar Rapids,IA) | SF | IA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 39 | 1175 | June-Reg | Brendan Winn ** | New York Mets | CF | NCAA | 2004-2005 | H | Merritt Island (Merritt Island,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 40 | 1204 | June-Reg | Joe Jiannetti | New York Mets | 2B | AA | 2001-2011 | H | St. Petersburg (St. Petersburg,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 41 | 1233 | June-Reg | Verissimo Pereira | New York Mets | C | - | H | Edouard Montpetit (Montreal,QC) | SF | QC | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 42 | 1262 | June-Reg | Greg Burke | New York Mets | MLB | 2001-2013 | H | Gloucester Catholic (Gloucester,NJ) | SF | NJ | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | 3 | 3 | 4.14 | 0 | 46 | 33 | 0 | |
| 2000 | 43 | 1290 | June-Reg | Cristian Cajigas | New York Mets | SS | - | H | Dr. Carlos Gonzalez (Aguada,PR) | SF | PR | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 44 | 1317 | June-Reg | Justin Harris ** | New York Mets | SS | A+ | 2002-2006 | C | State College of Florida, Manatee-Sarasota | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 45 | 1343 | June-Reg | Brett Harper | New York Mets | 3B-1B | AAA | 2001-2012 | H | Desert Mountain (Scottsdale,AZ) | SF | AZ | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 46 | 1367 | June-Reg | Jody Roughton ** | New York Mets | 1B | AA | 2002-2005 | C | Maple Woods Community College | SF | MO | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 47 | 1389 | June-Reg | David Housel | New York Mets | 2B | A+ | 2001-2010 | H | West Morris (Chester,NJ) | SF | NJ | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 48 | 1409 | June-Reg | Daniel Rubino | New York Mets | P | - | H | Coconut Creek (Coconut Creek,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 2000 | 49 | 1429 | June-Reg | Edward Cannon ** | New York Mets | P | NCAA | 2003-2004 | H | Sebring (Sebring,FL) | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 2000 | 50 | 1449 | June-Reg | Jamar Hill ** | New York Mets | OF | AA | 2002-2011 | H | Bartlett (Anchorage,AK) | SF | AK | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |