| Year | Rnd | Ovl | Phase | Player | Drafting Team | Pos | HiLvl | Played | Src | Drafted From | SF | State | AB | 2B | 3B | HR | RBI | SB | BAVG | W | L | ERA | SV | IP | SO | GS |
| 1986 | 2 | 27 | Jan-Sec | Tony Pickett | Minnesota Twins | IF | A+ | 1986-1988 | C | Contra Costa College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1986 | 2 | 28 | Jan-Sec | Carlos Carrasco | Atlanta Braves | P | A+ | 1987-1992 | C | Gavilan College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1986 | 2 | 29 | Jan-Sec | Bob Lutticken | San Diego Padres | C | AA | 1986-1991 | C | College of San Mateo | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1986 | 2 | 30 | Jan-Sec | Mike Montagnino | Seattle Mariners | OF | - | C | Palm Beach State College | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 31 | Jan-Sec | Jorge Robles ** | San Francisco Giants | IF | A+ | 1989-1990 | C | Miami-Dade College | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1986 | 2 | 32 | Jan-Sec | Mike Bianco ** | Boston Red Sox | OF | - | C | Indian River State College | SF | FL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 33 | Jan-Sec | Bobby Jones ** | Montreal Expos | OF | RK | 1993-1994 | C | Sacramento City College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1986 | 2 | 34 | Jan-Sec | Carl Shaw | Kansas City Royals | P | - | C | Bellevue Community College | SF | WA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 36 | Jan-Sec | Blake Butterfield | Los Angeles Dodgers | P | - | C | Mount San Antonio College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 37 | Jan-Sec | Jeff Oswalt ** | New York Yankees | P | RK | 1989-1989 | C | San Diego Mesa College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1986 | 2 | 38 | Jan-Sec | Kraig Luckenbill | Cleveland Indians | P | A- | 1986-1986 | C | Tarrant County College | SF | TX | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 1986 | 2 | 39 | Jan-Sec | Don Arnold | Milwaukee Brewers | P | - | C | Taft College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 40 | Jan-Sec | Gerald Higby | New York Mets | P | - | C | Modesto Junior College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 41 | Jan-Sec | Damon Allen | Texas Rangers | P | A+ | 1994-1994 | H | Lincoln (San Diego,CA) | SF | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 42 | Jan-Sec | Mark Potoshnik | Houston Astros | P | - | C | Taft College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 43 | Jan-Sec | Thomas Gallagher | Oakland Athletics | P | - | C | Sacramento City College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 44 | Jan-Sec | Bruce Powers | Toronto Blue Jays | OF | - | C | Skyline College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 45 | Jan-Sec | Alex Alvarez | Philadelphia Phillies | C | - | C | Cypress College | SF | CA | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | |
| 1986 | 2 | 46 | Jan-Sec | Lionel Gaston | Detroit Tigers | P | - | C | Triton College | SF | IL | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- |